当司马光之子司马康应召入朝时，邢恕请司马康先到河阳，邵伯温对司马康说：“你服丧期满，应先去晋见皇帝，不宜绕道河阳先见朋友。”司马康说“：可我已经答应了邢恕。”不久，司马康去世，留下年幼的儿子司马植，为宣仁皇后所怜悯。吕大防对宣仁皇后说，司马康生前与邵伯温友好，原将其子托付给邵伯温，可以邵伯温为西京教授，便于教育司马植。邵伯温做西京教授后对司马植说：“你是司马光之孙，司马康之子，是贤是愚皆为天下人所关注，你当以此为勉，负起自己的责任。”司马植听后，发奋学习，毫不懈怠，终于取得了成绩。

    绍圣初年(1094)，章悖任宰相。章悖曾经事从邵雍，故任相后，打算起用邵伯温，然邵伯温不愿趋炎附势。按惯例，邵伯温当赴吏部听候铨选，程颐对邵伯温说：“我担心你此次的吏部之行。”邵伯温说：“有什么担心呢？难道不打算见先公于地下吗？”于是，邵伯温先到了吏部听候差遣，然后才去见章悖。但章悖还是将邵伯温举荐给朝廷，而邵伯温不愿在朝廷做官，而愿在郡县做事。章悖为此极不高兴。邵伯温遂得监永兴军铸铁监。此时，元祐党人大多南迁，且许多人都不敢去拜访他们。但邵伯温不怕，他在咸平拜见了范祖禹，在颍昌拜访了范纯仁。后来，西夏挑起战端，欲收复西夏故地，宋廷许诺凡参加对西夏作战的将领可连升数级，邵伯温本当参加，但他将机会让给了同事。邵伯温任监永兴军铸铁监期满后，章悖依然在朝廷任宰相，为了避免与章悖共事，邵伯温执意不去京师做官，而选外任为环庆路帅府幕僚。

    服母丧期满后，主管永兴军耀州三白渠公事。此时，童贯任该区域宣抚使，许多士大夫争相登门巴结讨好，可邵伯温听说童贯要来，赶紧出走他州以避童贯。邵伯温在知果州期间，上书请罢岁输泸南诸州绫绢、丝绵数十万以宽民力。后被命知兴元府、遂宁府、..州，皆托辞不赴任，最后被擢升为提点成都路刑狱。时农民起义首领史斌率部攻破武休，进入汉中、利路，并打算夺取剑门关，邵伯温与成都帅臣卢清原合谋守剑门，致使斌不能过关，蜀人因此对邵伯温十分感激。

    绍兴四年(1134)，邵伯温去世，时年七十八岁。邵雍曾经说：“世道很乱，而川蜀安定，可避居。”在宣和末年(1125)，邵伯温举家迁往四川，因此避免了北宋末年的战乱之灾。

    赵鼎年青时跟从邵伯温学习，后来赵鼎做了宰相，上表请求追封邵伯温，朝廷遂追赠邵伯温为秘书阁修撰。赵鼎为邵伯温做墓志铭说“：邵伯温以学识行起于元..年间，以名节居处于绍圣年间，以言论受贬于崇宁年间。”世人皆认为赵鼎这三句话概括了邵伯温一生的历程。